Những năm đầu thập niên 1990 thực sự hỗn loạn với Clapton. Tháng 8 năm 1990, quản lý và 2 người bạn thân của anh (mà một trong số đó là tay guitar nổi tiếng Stevie Ray Vaughan) qua đời trong một tai nạn máy bay trực thăng. 7 tháng sau, con trai Conor 4 tuổi của anh thiệt mạng sau khi rơi từ ban công tầng 53 nhà người bạn của mẹ mình ở khu chung cư ở New York. Xác cậu bé được tìm thấy trên nóc một tòa nhà 4 tầng kế bên[6]. Sau quãng thời gian tự tách mình khỏi đời sống âm nhạc, Clapton quay trở lại làm việc và viết nhạc cho bộ phim khai thác chủ đề về ma túy, Rush. Will Jennings đã cùng Clapton sáng tác nên ca khúc "Tears in Heaven" nói về cái chết của Conor. Bản trình diễn trực tiếp acoustic được đưa sau đó vào album Unplugged (1992) của Clapton[7]. Unplugged ngay lập tức giành vị trí quán quân tại nhiều quốc gia, được đề cử tới 9 giải Grammy trong đó đoạt giải Album của năm tại giải Grammy năm 1993. Cũng từ đó, Clapton cũng lập quỹ và kêu gọi ủng hộ hỗ trợ bảo hộ trẻ em khỏi cửa sổ và khu vực cầu thang[7].

Trong buổi phỏng vấn với Daphne Barak, Clapton nói: "Tôi gần như muốn dùng âm nhạc như liều thuốc chữa lành vết thương, thật chậm rãi và chắc chắn, và nó có tác dụng... Tôi luôn giành tất cả cho niềm vui và cả cho việc điều trị bằng âm nhạc."[8]

Will Jennings sau này nhớ lại:

"Eric và tôi cùng nhau viết nhạc cho bộ phim Rush. Chúng tôi có sáng tác ca khúc "Help Me Up" cho đoạn kết... rồi Eric thấy còn một chỗ trống trong phim rồi anh ấy nói với tôi "Tôi muốn viết thứ gì đó cho con trai tôi". Eric viết đoạn vào đầu tiên mà với tôi, đó là phần hồn của toàn bộ ca khúc rồi, nhưng anh ấy vẫn muốn tôi viết thêm đoạn còn lại và cả những câu chuyển ('Time can bring you down, time can bend your knees...'), cho dù tôi đã khuyên rằng cậu ấy nên có một ca khúc hoàn toàn cá nhân. Anh ấy bảo rằng anh ấy ngưỡng mộ những gì tôi làm cùng Steve Winwood và rốt cuộc anh ấy cũng không có yêu cầu gì hơn, cho dù chủ đề là vô cùng nhạy cảm. Đó là một ca khúc rất buồn và rất cá nhân – một trải nghiệm mà tôi có duy nhất một lần suốt sự nghiệp viết nhạc của mình."

Năm 2003, "Tears in Heaven" được tạp chí Rolling Stone xếp hạng 362 trong danh sách "500 bài hát vĩ đại nhất"[9].